Seminář japonských studií vznikl v září roku 2007 a od 1.1. 2014 je samostatným pracovištěm. Od roku 2008 nabízí možnost studia v bakalářském studijním oboru Japanistika, který zahrnuje především praktickou a teoretickou přípravu v oblasti japonského jazyka a písma, ale důležitou součástí studia jsou i kurzy zaměřené na řadu témat z oblasti japonské kultury a společnosti, přednášky a semináře zaměřené na dějiny, literaturu, náboženství, divadlo, film, politiku, populární kulturu apod.

Kromě výuky v rámci oboru Japanistika, je náplní práce Semináře japonských studií vědecká činnost, a to obzvláště v oblastech vědeckého zaměření členů Semináře. Výstupem z vědecké činnosti je kromě publikací a článků v odborném tisku a sbornících také účast na vědeckých konferencích, a v neposlední řadě též příprava studijních materiálů.